وشيئا فشيئا شهدت حالات الإغتيالات تطورا ملحوظا إذ باتت تستهدف المواطنين المدنيين. كما أن بعض عمليات القتل حملت صبغة ثأر وانتقام, أو نهب مسلح. وطبقا للإحصائيات الإعلامية فإن عمليات الإغتيال والسطو المسلح وقعت في مديريات: القطن, وشبام, وسئون. وبعضها نفذ في الأسواق العامة وعلى مرأى المواطنين. في الساحل, سيطر تنظيم القاعدة على مدينة المكلا في 2 أبريل 2015م, بعد انهيار السلطة المركزية بصنعاء, وانسحابه من أبين وشبوة إلى حضرموت. وشهدت المدينة فراغا أمنيا لتمكين القاعدة من المشهد في سبيل إيجاد مبرر للوصول إلى حضرموت, وبالفعل جرى إخراج تنظيم القاعدة من المكلا وضواحيها من قبل قوات التحالف, في ابريل 2016. وقد شهدت محافظة حضرموت عموما صراع نفوذ سواء على مستوى الساحل, او على مستوى الوادي, بين القوى المحلية والقوى الإقليمية الداعمة لها. هذا الصراع بدوره ساهم في تعزيز المشكلات والفوضى الأمنية, وإيجاد معسكرات ومليشيات وأجهزة أمنية متعددة الولاءات. ورغم ما تقدم, تبقى حضرموت واحدة من أكثر المحافظات اليمنية استقرارا, إذا لا يوجد انقسام خطير داخل الكيان السياسي للمحافظة, حيث ظلت مؤسسات الدولة بقيادة المحافظ على علاقة جيدة مع الحكومة الشرعية. وقد تحولت بعض المؤسسات الرسمية, كمطار الريان الدولي بالمكلا,إلى مناطق تابعة للقوات الإماراتية, فقد ظل المطار مغلقا لخمس سنوات تقريبا, إذ اتخذت منه القوات الاماراتي ثكنة وقاعدةة عسكرية لقواتها ومقرا للقيادة. ورغم المطالبات الحكومية والاحتجاجات الشعبية لإعادة فتح المطار إلا أنها قوبلت جميعها بالتجاهل والرفض التام من قبل التحالف العربي.